与此同时,2000年7月,他向加拿大公民与移民部(Citizenship and Immigration Canada,简称CIC)申请难民资格。CIC负责对难民申请进行初步审核,再交由加拿大移民与难民委员会(Immigration and Refugee Board,简称IRB)裁决。IRB网站显示,该委员会为"加拿大最大的独立行政法庭",职责是在移民和难民事务中依法、高效、公平地作出理由充分的决定。
但在这个关键时刻,2006年6月16日,赖昌星误以为自己即将被送上遣返的飞机,遂以头撞柱自残。这对改变加拿大联邦法院的态度起了重要作用。据马塔斯律师介绍,主审法官德蒙迪戈尼(Yves de Montigny)在判决中认为,CIC对赖昌星被遣返后将面临酷刑的风险评估不充分,因而决定准许赖昌星提出的司法复核申请,CIC此前发出的遣返令暂缓。